Captain' Kirk a écrit:

Il me semble que la construction de l'Enterprise et le fait que Kirk soit à l'académie n'est pas du tout incompatible

Kirk n'est pas devenu capitaine en sortant de l'académie, il a servi sur d'autres vaisseaux, dont au moins 1 à bord duquel il a rencontré l'entité qui détruit le vaisseaux jumeau de l'Enterprise commandé par Decker, le père du Decker du 1er film

Et Kirk lui étant à l'académie, il récupérera l'Enterprise rénové qqes années plus tard

Pour préciser:
Dans l'épisode "Obsession" de la deuxième saison, on apprend que Kirk a été lieutenant à bord de l'USS Farragut commandé par le capitaine Garrovick.
Son hésitation à détruire une entité gazeuse a entrainé la mort du capitaine et de nombreux membres d'équipage. Après avoir perdu deux hommes, Kirk accuse le fils de Garrovick (enseigne et membre de la sécurité de l'Entreprise) d'avoir commis la même erreur que lui face à la même entité.

Dans "La machine infernale" l'USS Entreprise se rend dans un système totalement détruit par une énorme machine, il découvre l'USS Constellation gravement endommagé. Le seul survivant est le commandant Decker.